1966年，正当国民经济的调整基本完成，国家开始执行第三个五年计划时，一场长达十年、给党和人民造成严重灾难的“文化大革命”爆发。
　　1965年11月10日，经毛泽东批准，上海《文汇报》发表《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》一文，成为“文化大革命”的导火索。1966年5月16日，中央政治局扩大会议通过的《中国共产党中央委员会通知》指出：“混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物，是一批反革命修正主义分子，一旦时机成熟，他们就会要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政”。阶级斗争被错误地扩大化。会议还决定成立以陈伯达为组长，康生为顾问，江青、张春桥等为副组长的中央文化革命小组，简称中央文革。中央文革小组成为领导“文化大革命”的指挥机构。此后，“文化大革命”异常迅猛地发展起来。
　　6月1日晚，中央人民广播电台播发北京大学哲学系党支部书记聂元梓等人诬陷和攻击北京市委和北大党委的大字报，同时播发《人民日报》评论员文章《欢呼北大的一张大字报》，号召“横扫一切牛鬼蛇神，把无产阶级文化大革命进行到底。”大、中学校学生率先起来“造修正主义反”。 6月2日，清华附中校园内出现署名“红卫兵”的大字报——《誓死捍卫毛泽东思想，誓死捍卫无产阶级专政》。此后，由学生成立的“红卫兵”组织蜂拥而起，一些党政机关受到冲击，学校领导被揪斗，学校的正常秩序完全被打乱，社会动乱开始出现。
　　为使局势稳定下来，6月3日，主持中央日常工作的刘少奇、邓小平等召开中央政治局扩大会议商量办法。会议决定中央各部委向北京市各高等院校派工作组协助领导运动，团中央向北京各中学派工作组协助领导运动。派工作组的目的是使运动能够正常进行。会议还制定了运动的八条规定，比如不要搞大规模声讨会，不要包围黑帮住宅，大字报不要上街等。
　　团中央陆续从全国各地抽调了1800多名团干部，组建了以团中央书记处常务书记为团长的“北京市中学文化革命工作团”。工作团向北京市八个城区的300多所中学派遣了工作组。全国各地的团组织也向一些中学派遣了工作组。
　　团中央向中学派工作组，成为日后中央文革小组攻击共青团的重要把柄，直接导致了团中央书记处被改组。
　　在如何对待运动的问题上，刘少奇、邓小平等与中央文革小组之间的分歧日益加大。工作组被中央文革小组指责为“实际上是站在资产阶级立场上，反对无产阶级革命”。7月28日，工作组被撤销。
　　从7月底开始，不断有北京市中学的红卫兵到团中央机关“造反”，中央文革小组也借团中央向中学派工作组之由，找团中央书记处成员谈话，指责团中央严重脱离青年，害怕青年，头脑腐败，是青年官等。
　　8月上旬，毛泽东在主持召开党的八届十一中全会期间写了《炮打司令部——我的一张大字报》，提出中央有一个资产阶级司令部。矛头直指刘少奇、邓小平。全会通过的《关于无产阶级文化大革命的决定》，对运动的对象、依靠力量、方法等根本性问题作了有严重错误的规定。
　　八届十一中全会后，红卫兵运动迅猛发展，最初是破“四旧”，即所谓的旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯，随后发展为抄家、打人、砸物。无数优秀文化典籍被付之一炬，大量国家文物惨遭洗劫，许多知识分子、民主人士和老干部遭到批斗。
　　在这种及其混乱的局势下，北京一些中学生在天桥剧场召开关于血统论对联的辩论会。中央文革小组的人在会上说：“共青团有严重错误”，“团中央某些人不是站在无产阶级文化大革命方面，而是站在资产阶级镇压革命这一方面。”
　　这些信息传出后，既加剧了青年学生与团中央的矛盾，也促使中央作出改组团中央书记处的决定。
　　8月13日，北京市中学红卫兵在工人体育场召开万人大会。分管共青团工作的中央政治局常委在会上宣布了中央关于改组团中央书记处的决定。
　　此后，不断有红卫兵涌入团中央机关，占领办公大楼，批斗团中央书记胡耀邦等，致使团中央各部门的正常工作无法进行。8月15日，在团中央机关礼堂召开的团中央系统全体工作人员大会上，分管共青团工作的中央政治局常委正式宣布改组团中央书记处的决定：团中央书记处书记胡耀邦、胡克实、王伟、张德华、胡启立停职反省；改组团九届中央委员会，成立临时书记处，临时书记处的主要任务是负责总结团九大以来的工作，筹备召开共青团中央全会。
　　1967年1月，团中央机关的“革命造反联络总部”夺了团中央临时书记处的权。从此，共青团的系统领导完全中断，直到1978年5月共青团十大筹备委员会成立。
　　团中央书记处被改组后，中央文革小组的人继续攻击共青团，污蔑共青团“修到家了”，是“生产团”“娱乐团”“全民团”，表示必须彻底“砸烂”。于是，在全国范围内掀起一股摧旧团的黑浪，大批团干部遭到迫害，大批青年先进集体和青年模范人物受到株连，各级团组织遭到严重破坏。